Система мер авиационной безопасности, действующая в аэропорту г. Ростов-на-Дону направлена на обеспечение комплекса мероприятий по предотвращению актов незаконного вмешательства. Служба авиационной безопасности сертифицирована Федеральным агентством воздушного транспорта на соответствие действующему законодательству в области обеспечения безопасности в гражданской авиации. Работники службы авиационной безопасности проходят периодическое обучение в специализированных учебных центрах. Эксплуатируемые технические средства обеспечения предполетного досмотра отвечают всем предъявляемым требованиям. В настоящее время в аэропорту дополнительно усилены меры безопасности - осуществляются мероприятия по досмотру посетителей, входящих в здание аэровокзального комплекса.